Vesiensuojelun tavoitteena on, että vesistöjen ekologinen toimintakyky nykyisestään paranee ja mahdollisuudet käyttää vesiä eri tarkoituksiin turvataan. Vesiluontoa suojellaan luonnon monimuotoisuuden säilyttämiseksi. Pohjavedet säilytetään hyvälaatuisina niin, että talousvesitarpeet voidaan turvata pohjavesillä.

Tehtäviin kuuluu vesilainsäädännön valvonta, ojitusriita-asioiden käsittely, jätevesien johtamisasioiden käsittely, järvien kunnostussuunnitteluun osallistuminen sekä vesiensuojeluun liittyvät tutkimukset. Erityistapauksissa voidaan antaa määräyksiä vesialueen veden käyttämisen rajoittamisesta sekä lupa tutkimuksiin toiselle kuuluvalla alueella.

Ympäristölautakunta tutkii vuosittain alueen vesistöjen kuntoa. Tutkimuksia tehdään pääasiassa pienvesissä. Vesistöjen tutkimuksia tehdään laajemmin velvoitetarkkailuina. Pohjois-Savon ympäristökeskus tekee myös paljon omia tutkimuksiaan. Tutkimustulosten perusteella ympäristökeskus on tehnyt vesistöjen laatuluokituskarttoja.

Yhteystiedot